Pode!
Hoje em dia há algumas correntes de opinião que questionam sobre a segurança do uso do microondas, alegando que pode ter efeitos nocivos para a saúde.
No entanto, os estudos actuais não demonstraram qualquer prejuízo ou efeito negativo, pelo que não existe, de momento, nenhuma evidência científica que justifique essa preocupação. O seu uso deve assim ser apenas uma decisão pessoal, com base no gosto de cada um, pois não há motivo para grandes alarmismos.
A única recomendação que acho importante fazer é ter em atenção que o aquecimento feito pelo microondas não é homogéneo, pelo que é importante misturar bem a comida antes de dar ao bebé e confirmar sempre a temperatura, para minimizar o risco de queimaduras.